정부는 2025년을 기점으로 **중소기업 연구·개발(R&D) 지원 정책**을 대폭 강화하고 관련 **세액공제 혜택을 확대**하는 내용을 담은 세제 개편안을 확정하였다. 이는 중소기업의 혁신 역량을 제고하고, 국가 경쟁력의 핵심인 첨단 기술 분야 투자를 유도하기 위한 정책적 의지의 반영으로 해석된다. 특히, R&D 세액공제 적용 범위의 확대와 공제율의 현실화, 그리고 기업 성장에 따른 세제 지원의 점진적 축소(점감구조 도입)는 중소기업의 장기적인 성장 로드맵에 중대한 영향을 미칠 전망이다. 본 보고서는 2025년부터 달라지는 중소기업 R&D 지원과 세액공제 주요 내용을 면밀히 분석한다.
✅ 1. 연구·인력개발비 세액공제 확대 및 적용 대상 명확화
1-1. 일반 R&D 세액공제율 유지 및 점감구조 도입
중소기업의 일반 연구·인력개발비에 대한 세액공제율은 **최대 25%** 수준으로 유지되거나, 당기분 증가분에 대한 공제율이 상향 조정되었다. 이는 중소기업이 기술 개발 활동을 지속할 수 있도록 안정적인 재정 환경을 제공하기 위함이다. 더욱 중요한 변화는 중소기업을 졸업하여 중견기업으로 성장하는 경우, 세액공제율이 급격하게 하락하는 것을 방지하기 위한 **점감구조(Gradual Reduction Structure)**가 도입되었다는 점이다.
R&D 세액공제 점감구조 도입의 핵심
- **유예 기간:** 중소기업 졸업 후 **최대 5년간**은 중소기업 수준의 높은 공제율을 그대로 적용받는다.
- **점감 기간:** 유예 기간 종료 후 **추가 3년간**은 중견기업 초기 수준의 공제율(예: 25% 공제)을 점진적으로 적용받는다.
- **목적:** 기업 성장의 동력이 되는 R&D 활동이 세제 혜택 축소로 인해 위축되는 현상을 방지하고, 중견기업으로의 안정적인 진입을 지원한다.
1-2. 세액공제 대상 비용 범위의 실질적 확대
R&D 세액공제의 적용 대상이 되는 비용 범위가 확대되어, 중소기업의 실질적인 연구개발 투자 부담이 경감된다. 기존에는 일부 항목만 공제 대상이었으나, 2025년부터는 R&D 활동에 필수적인 간접 비용까지 포함되어 중소기업의 재무적 유연성이 높아졌다.
| 구분 | 2025년 R&D 세액공제 대상 확대 내용 |
|---|---|
| **시설/장비 관련** | 연구·시험용 시설의 **임차료 및 이용료** 추가 |
| **소프트웨어** | **소프트웨어 대여·구입비** 추가 (SW 개발 기업의 비용 부담 경감) |
| **기술 정보** | **기술정보비, 기술지도비, 특허 조사·분석비** 등 추가 |
| **인력 개발** | 임직원이 아닌 외부 인력을 위한 **교육 비용(강사료, 교재비 등)** 공제 적용 가능 |
특히, 연구개발에 사용되는 **기계장치(R&D용 장비)**의 감가상각 기간이 기존 5년에서 **3년으로 단축**되어, 초기 법인세 비용 절감 효과를 극대화하고 신속한 설비 투자를 유도하게 되었다.
✅ 2. 국가전략기술 및 첨단 산업 투자 세제 지원 강화
2-1. 국가전략기술 분야 확대 및 공제율 유지
국가 경제 안보 및 미래 성장의 핵심 분야로 지정된 **'국가전략기술'**에 대한 세제 지원이 집중적으로 강화된다. 기존 반도체, 이차전지, 백신, 수소 등 7개 분야에 **AI(인공지능) 관련 기술(생성형 AI, 에이전트 AI 등)**이 새롭게 추가되면서, 지원 대상 기술 범위가 총 **8개 분야 78개 기술**로 확장되었다. 중소기업의 경우, 국가전략기술 R&D 투자에 대해 **최대 40%**의 높은 세액공제율이 적용된다.
2-2. 통합투자세액공제와 R&D 지원의 연계
R&D 투자와 함께 시설 투자 확대를 유도하기 위한 **통합투자세액공제** 역시 강화되었다. 특히, 당해 연도 투자액이 직전 3년 평균 투자액을 초과할 경우, 해당 증가분에 대해 **10%의 공제율**이 일괄 상향 적용된다. 이와 더불어 **국가전략기술 사업화 시설 범위**가 54개 시설에서 58개 시설로 확대되고, 중소기업에 대한 세액공제율은 **최대 25%**가 적용되어, 첨단 시설 투자를 촉진하는 강력한 인센티브를 제공한다.
✅ 3. 2025년 R&D 지원 사업 예산 및 정책 방향
3-1. 기술 개발 지원 예산 규모의 확대
중소벤처기업부는 2025년 중소기업 기술 개발 지원 사업에 **총 1조 5,214억 원**을 투입한다고 발표하였다. 이는 중소기업의 혁신적인 기술 개발을 뒷받침하기 위한 정부의 강력한 의지를 보여준다. 지원 사업은 크게 **시장에 도전하는 혁신적 R&D**, **생태계를 혁신하는 네트워크 R&D**, 그리고 **재정 투입을 효율화하는 R&D**의 세 가지 방향으로 집중 추진된다.
- **혁신적 R&D:** 초기 스타트업 및 도전적인 기술 개발 과제에 대한 지원을 확대하여 기술 리스크를 정부가 분담한다.
- **네트워크 R&D:** 대학, 연구기관, 대기업 등과의 공동 연구 개발을 촉진하는 컨소시엄 구성에 가점을 부여하며, 특히 **수출 확대**와 연계되는 기술 로드맵을 요구한다.
3-2. 세정 지원 및 신청 전략
국세청은 R&D 세액공제 관련 세무 불확실성을 해소하기 위해 **사전 심사**를 우선 처리하고, AI 등 첨단 기술 중소기업에 대해서는 **정기 세무조사를 제외·유예**하는 등 종합적인 세정 지원을 제공한다. 중소기업은 이와 같은 혜택을 극대화하기 위해 R&D 비용 발생 시 **연구개발계획서, 연구개발보고서, 연구노트** 등의 증거 서류를 철저히 구비하고, 세액공제 사전 심사 제도를 적극적으로 활용하는 것이 핵심 전략이다.
근거 및 출처: 기획재정부 '2025년부터 이렇게 달라집니다' 책자 및 세법개정안 발표 자료, 중소벤처기업부 2025년 중소기업 기술개발 지원사업 통합공고 보도자료. 세부 공제율 및 사업화 시설 범위는 관련 법령 시행령 개정 완료 후 최종 확정됩니다.